Die beiden größeren zivilen Flughäfen des Landes sind der Flughafen Kiel und der Flughafen Lübeck. Während der Kieler Flughafen derzeit keine Linienflüge anbietet, war der Flughafen Lübeck-Blankensee mit 697.559 Passagieren im Jahr 2009 auch für den Ferntourismus von Bedeutung, da er regelmäßig von sogenannten Billigfluggesellschaften angeflogen wurde – seitdem wurde der Betrieb jedoch stark eingeschränkt.
Zunehmende Bedeutung erlangte ab den 2000er Jahren der Flughafen Sylt; er wird seit 2005 mehrmals täglich von Fluggesellschaften im Liniendienst angeflogen und hatte 2009 ein Passagieraufkommen von 157.000. Es gibt zudem mehrere Verkehrslandeplätze, unter anderem auf der Insel Düne bei Helgoland, bei Uetersen/Heist, Flensburg und Hartenholm, dazu zahlreiche Sonderlandeplätze.